La edificación data del año 1762, 10 años antes de la construcción de la casa de la Independencia, de acuerdo al guía del museo del Parque Caballero, el señor Ramón Alonso. Aclaró que esta información es según «la tradición». No hay ningún documento histórico que lo compruebe.
La propiedad perteneció a la familia Díaz de Bedoya, integrada por don José Díaz de Bedoya, un español cuyo esposa era doña Juana María de Lara. Su nieta, María Concepción Diaz de Bedoya fue la única paraguaya que fue primera dama dos veces, primero acompañando al presidente Juan Bautista Gill, despúes al Gral. Bernardino Caballero. Ella falleció un 22 de marzo de 1884 siendo Presidente Caballero, quien heredó la propiedad.
Era un lugar que gustaba mucho a la gente porque tenía manantiales, una hermosa vista, estaba en una altura y presentaba un ambiente saludable. El agua de manantial se utilizaba para la pileta, una vez convertido en parque. Tenía también un mirador.
Alonso dijo que la quinta era un lugar muy querido y visitado. El General propuso a su segunda esposa, la itagueña Julia Álvarez, convertirlo en parque.
“En ese momento la quinta estaba hipotecada por el banco mercantil por 80.000 pesos fuertes. Actualmente esa suma sería algo así como G. 800 millones”, refirió.
“Las paredes son de antigüedad, tienen 45 centímetros de grosor”. Lo que hoy es el museo, era la vivienda de Caballero en el predio de la quinta.
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En su origen el inmueble tenía 16 hectáreas. Ya en época de Bernardino Caballero, sigue el señor Alonso, se iba mutilando el terreno. Un ejemplo de ello es que el propio Caballero vendió una porción de la tierra en agradecimiento al doctor suizo Juan Barbero, su oftalmólogo. Fueron 30 metros de frente por 100 metros de fondo aproximadamente. Actualmente en ese lugar funciona una dependencia de Aseo Urbano.
Un tiempo después de fallecer el general, en el año 1912, la viuda propuso al intendente de la época adquirir la Quinta Caballero como patrimonio municipal.
El 31 de mayo de 1919 por ordenanza municipal se dispuso la adquisición de la quinta y en el 1925 paso a ser propiedad de la Municipalidad de Asunción. Posteriormente se construye el parque Caballero.
Cuando la quinta pasa a manos de la comuna se proyectaba su conversión en parque. Fueron desapareciendo algunos elementos que hacían un hogar a ese terreno y edificación, como por ejemplo la caballeriza, el taller para arreglar los carros y carretas, la casa de la mayordomía y de la servidumbre. Quedaron en pie la vivienda que es donde funciona el museo. En el edificio que estaba al lado, que actualmente es área verde, crecieron los hijos de Bernardino Caballero con su segunda esposa, acotó don Alonso.
La Secretaria de Cultura menciona en su página que el 3 de septiembre de 1976, la Cámara de Senadores acordó: «por Ley N° 587 declarar Monumento Nacional la casa que habitó el General Bernardino Caballero» y autorizó a la Municipalidad de Asunción erigir un monumento al héroe en el mismo lugar.
Se reacondicionó la casa con muebles y enseres originales después de la gestión de familiares y descendientes del general. El objetivo era habilitarlo como museo histórico.
