La Academia viajó a Lima para enfrentarse a Sporting Cristal con una ventaja de 2-0 gracias a su victoria en Asunción.
Sin embargo, Sporting Cristal hizo vivir una noche de pesadillas a Nacional al vencerla con un humillante 5-1 y dejándola fuera de la Copa Libertadores.
Los goles de Sporting Cristal fueron convertidos por Irven Ávila en dos ocasiones, Ignacio da Silva, Jhilmar Lora y Washington Corozo, mientras que para la Academia anotó Gustavo Caballero.
Este resultado también deja a Nacional fuera de la Sudamericana, ya que clasificar a la Fase 3 implica la clasificación asegurada a la segunda competencia más importante del fútbol sudamericano.